AT1G55730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.897 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cation exchanger 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Low affinity calcium antiporter CAX2 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cation exchanger 5 (CAX5); FUNCTIONS IN: cation:cation antiporter activity, calcium:cation antiporter activity; INVOLVED IN: cation transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sodium/calcium exchanger membrane region (InterPro:IPR004837), Calcium/proton exchanger superfamily (InterPro:IPR004798), Calcium/proton exchanger (InterPro:IPR004713); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cation exchanger 2 (TAIR:AT3G13320.1); Has 3072 Blast hits to 2900 proteins in 927 species: Archae - 39; Bacteria - 1714; Metazoa - 14; Fungi - 740; Plants - 249; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 316 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20831387..20833941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48099.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGCCKVPALI QAQVEMGLVN DVEHKSLFRR DTDSPERKAA SLMEQGSLSA SFRECSTKTP NNSVLQSFKI VILSNKLNLL LPFGPLAILL HYLTDNKGWI 101: FLLSLVGITP LAERLGYATE QLACYTGSTV GGLLNATFGN VTELIISIFA LKSGMIRVVQ LTLLGSILSN MLLVLGCAFF CGGLVFSQKE QVFDKGNAVV 201: NSGLLLMAVM GLLFPAVLHY THSEVHAGSS ELALSRFSSC IMLVAYAAYL FFQLKSQPSS YTPLTEETNQ NEETSDDDED PEISKWEAII WLSILTAWVS 301: LLSGYLVDAI EGASVSWKIP ISFISVILLP IVGNAAEHAG AIMFAMKDKL DLSLGVAIGS SIQISMFAVP FCVVIGWMMG AQMDLNFQLF ETATLFITVI 401: VVAFFLQEGT SNYFKGLMLI LCYLIVAASF FVHEDPHQDD I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)