AT1G51710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Ubiquitin-specific protease 6 (UBP6). Deubiquinating enzyme. Interacts with calmodulin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 6 (UBP6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 7 (TAIR:AT3G21280.1); Has 4793 Blast hits to 4476 proteins in 238 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2508; Fungi - 875; Plants - 657; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 751 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19175805..19179894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53698.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPTVSVKWQK KVLDGIEIDV SLPPYVFKAQ LYDLTGVPPE RQKIMVKGGL LKDDGDWAAI GVKDGQKLMM MGTADEIVKA PEKAIVFAED LPEEALATNL 101: GYSAGLVNLG NTCYMNSTVQ CLKSVPELKS ALSNYSLAAR SNDVDQTSHM LTVATRELFG ELDRSVNAVS PSQFWMVLRK KYPQFSQLQN GMHMQQDAEE 201: CWTQLLYTLS QSLKAPTSSE GADAVKALFG VNLQSRLHCQ ESGEESSETE SVYSLKCHIS HEVNHLHEGL KHGLKGELEK TSPALGRTAL YVKESLIDSL 301: PRYLTVQFVR FFWKRESNQK AKILRKVDYP LVLDIFDLCS EDLRKKLEAP RQKLREEEGK KLGLQTSAKS GSKDSDVKMT DAEASANGSG ESSTVNPQEG 401: TSSEKETHMT GIYDLVAVLT HKGRSADSGH YVAWVKQESG KWIQYDDDNP SMQREEDITK LSGGGDWHMA YITMYKARFV SM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)