AT1G29395.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : COLD REGULATED 314 INNER MEMBRANE 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Integral membrane protein in the inner envelope of chloroplasts. Provide freezing tolerance. Expression is induced by short-term cold-treatment, water deprivation, and abscisic acid treatment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
COLD REGULATED 314 INNER MEMBRANE 1 (COR413IM1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: cold acclimation, cellular response to water deprivation, cellular response to cold, response to abscisic acid stimulus; LOCATED IN: integral to chloroplast inner membrane, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cold acclimation WCOR413 (InterPro:IPR008892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated 314 thylakoid membrane 2 (TAIR:AT1G29390.1); Has 150 Blast hits to 147 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 150; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10288345..10289539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24355.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 225 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLCLSSSR IVSLHHQKPF LSLKLRSRPS DLSGLGRHTS PVCFNPLRLS GDRQRTATVS TRVEKRRKRG SSVVCYAAPI SANSLQWIST ISCLALMLAR 101: GTGIHKSVVV PLFALHAPSS IVAWIKGEYG VWAAFLALIA RLFFTFPGEL ELPFIALLLV IVAPYQVMNI RGKQEGAIIA IAISGFLAFQ HFSRAGSLEK 201: AYEKGSVLAT VAIIGVTVVS LLLLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)