AT1G29250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Alba DNA/RNA-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Alba DNA/RNA-binding protein; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane, nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alba, DNA/RNA-binding protein (InterPro:IPR002775), Uncharacterised conserved protein UCP030333, DNA/RNA-binding Alba-related (InterPro:IPR014560); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Alba DNA/RNA-binding protein (TAIR:AT2G34160.1); Has 157 Blast hits to 157 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 131; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10223461..10224592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14574.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 130 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEITEGVNN MNLAVDTQKK NRIQVSNTKK PLFFYVNLAK RYMQQYTDVE LSALGMAIAT VVTVAEILKN NGFAVEKKIM TSTVDIKDDS RGRPVQKAKI 101: EITLAKSEKF DELMAAANEE KEAAEAQEQN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)