AT1G26960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain leucine zipper class I (HD-Zip I) protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 23 (AtHB23); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor (InterPro:IPR000047), Leucine zipper, homeobox-associated (InterPro:IPR003106), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeobox-leucine zipper protein family (TAIR:AT1G69780.1); Has 11101 Blast hits to 11053 proteins in 666 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 8567; Fungi - 242; Plants - 2058; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 225 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9356126..9357239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29664.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 255 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSCNNNGLAF FPENFSLQNH HQEEEDHPQL LQDFHGFLGK RSPMNNVQGF CNLDMNGDEE YSDDGSKMGE KKRRLNMEQL KALEKDFELG NKLESDRKLE 101: LARALGLQPR QIAIWFQNRR ARSKTKQLEK DYDMLKRQFE SLRDENEVLQ TQNQKLQAQV MALKSREPIE SINLNKETEG SCSDRSENIS GDIRPPEIDS 201: QFALGHPPTT TTMQFFQNSS SEQRMVKEEN SISNMFCGID DQSGFWPWLD QQQYN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)