AT1G19950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.858 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HVA22-like protein H (ATHVA22H) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HVA22-like protein H (ATHVA22H) (HVA22H); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TB2/DP1/HVA22 related protein (InterPro:IPR004345); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Abscisic acid-responsive (TB2/DP1, HVA22) family protein (TAIR:AT5G42560.1); Has 10528 Blast hits to 8347 proteins in 778 species: Archae - 22; Bacteria - 1518; Metazoa - 4092; Fungi - 1457; Plants - 1639; Viruses - 302; Other Eukaryotes - 1498 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6925043..6926527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35105.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGSFLTRGL VMVFGYAYPA YECYKAVEKN KPEMQQLRFW CQYWILVAAL TIFERVGDAL ASWVPLYCEA KLAFFIYLWF PKTRGTTYVY DSFFQPYVAK 101: HENEIDRSLI ELRTKAGDLA VIYCRKAVSY GQTRIVEILH FVALQSTPKP KPKEKKQAAA PEEEEQKQPD LKATSQAASS NPQVRLQSKK PQLVTKEPIS 201: PKPLSSPRKQ QQLQTETKEA KASVSQTKLT TLTPPGPPPP PPPPPPSPTT AAKRNADPAQ PSPTEAEEAS QTVAALPEPA SEIQRASSSK ETIMEETLRI 301: TRGSLRKARS AGAPR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)