AT1G11475.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerases N / 8 kDa subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Non-catalytic subunit common to nuclear DNA-dependent RNA polymerases II, IV and V; homologous to budding yeast RPB10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NRPB10; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: transcription, DNA-dependent, transcription, regulation of transcription; LOCATED IN: DNA-directed RNA polymerase V complex, DNA-directed RNA polymerase II, core complex, DNA-directed RNA polymerase IV complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerases, N/8kDa subunit (InterPro:IPR000268), RNA polymerases, subunit N, zinc binding site (InterPro:IPR020789), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerases N / 8 kDa subunit (TAIR:AT1G61700.1); Has 941 Blast hits to 941 proteins in 324 species: Archae - 263; Bacteria - 0; Metazoa - 146; Fungi - 184; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3862520..3863805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 8315.17 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 71 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MIIPVRCFTC GKVIGNKWDQ YLDLLQLDYT EGDALDALQL VRYCCRRMLM THVDLIEKLL NYNTLEKSDN S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)