AT2G06850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
endoxyloglucan transferase (EXGT-A1) gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 4 (XTH4); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, response to mechanical stimulus, response to low light intensity stimulus, unidimensional cell growth; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Beta-glucanase (InterPro:IPR008264), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Glycoside hydrolase, family 16, active site (InterPro:IPR008263), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 5 (TAIR:AT5G13870.1); Has 2146 Blast hits to 2126 proteins in 304 species: Archae - 0; Bacteria - 263; Metazoa - 0; Fungi - 414; Plants - 1383; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 86 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:2763619..2765490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34292.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVSSSPWAL MALFLMVSST MVMAIPPRKA IDVPFGRNYV PTWAFDHQKQ FNGGSELQLI LDKYTGTGFQ SKGSYLFGHF SMHIKLPAGD TAGVVTAFYL 101: SSTNNEHDEI DFEFLGNRTG QPAILQTNVF TGGKGNREQR IYLWFDPSKA YHTYSILWNM YQIVFFVDNI PIRTFKNAKD LGVRFPFNQP MKLYSSLWNA 201: DDWATRGGLE KTNWANAPFV ASYKGFHIDG CQASVEAKYC ATQGRMWWDQ KEFRDLDAEQ WRRLKWVRMK WTIYNYCTDR TRFPVMPAEC KRDRDA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)