AT5G66320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA transcription factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes GATA transcription factor gene GNC, involved in regulating carbon and nitrogen metabolism. Expression occurs in aerial tissue at an early stage of development and is inducible by nitrate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GATA transcription factor 5 (GATA5); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, NHR/GATA-type (InterPro:IPR013088), Transcription factor, GATA, plant (InterPro:IPR016679), Zinc finger, GATA-type (InterPro:IPR000679); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA transcription factor 6 (TAIR:AT3G51080.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26496208..26497309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37092.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 339 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQAALKSSV RKEMALKTTS PVYEEFLAVT TAQNGFSVDD FSVDDLLDLS NDDVFADEET DLKAQHEMVR VSSEEPNDDG DALRRSSDFS GCDDFGSLPT 101: SELSLPADDL ANLEWLSHFV EDSFTEYSGP NLTGTPTEKP AWLTGDRKHP VTAVTEETCF KSPVPAKARS KRNRNGLKVW SLGSSSSSGP SSSGSTSSSS 201: SGPSSPWFSG AELLEPVVTS ERPPFPKKHK KRSAESVFSG ELQQLQPQRK CSHCGVQKTP QWRAGPMGAK TLCNACGVRY KSGRLLPEYR PACSPTFSSE 301: LHSNHHRKVI EMRRKKEPTS DNETGLNQLV QSPQAVPSF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)