AT5G63180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectin lyase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Pectin lyase-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT4G24780.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25341106..25343113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47897.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRPNSLLIP SNLSTTKSQR NTMLNSSYLS FALIFFCCIL FSALASSLPV SDPELVVEEV HRKINESISR RKLGFFSCGS GNPIDDCWRC DKDWEKNRKR 101: LADCGIGFGK NAIGGRDGEI YVVTDPGNDD PVNPRPGTLR YAVIQDEPLW IIFKRDMTIQ LKEELIMNSF KTLDGRGASV HISGGPCITI QYVTNIIIHG 201: LHIHDCKQGG NTYVRDSPEH YGYRTVSDGD GVSIFGGSHV WVDHCSLSNC NDGLIDAIRG STAITISNNY LTHHNKVMLL GHSDTYEQDK NMQVTIAFNH 301: FGEGLVQRMP RCRHGYFHVV NNDYTHWEMY AIGGSANPTI NSQGNRFLAP DDSSSKEVTK HEDAPEDEWR NWNWRSEGDL LLNGAFFTYS GAGPAKSSSY 401: SKASSLAARP SSHVGEITIA SGALSCKRGS HC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)