AT5G60690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
REVOLUTA regulates meristem initiation at lateral positions. a member of a small homeodomain-leucine zipper family. Has overlapping functions with PHAVOLUTA and PHABULOSA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
REVOLUTA (REV); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Lipid-binding START (InterPro:IPR002913), MEKHLA (InterPro:IPR013978), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeobox-leucine zipper family protein / lipid-binding START domain-containing protein (TAIR:AT2G34710.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24397734..24401933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92443.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 842 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEMAVANHRE RSSDSMNRHL DSSGKYVRYT AEQVEALERV YAECPKPSSL RRQQLIRECS ILANIEPKQI KVWFQNRRCR DKQRKEASRL QSVNRKLSAM 101: NKLLMEENDR LQKQVSQLVC ENGYMKQQLT TVVNDPSCES VVTTPQHSLR DANSPAGLLS IAEETLAEFL SKATGTAVDW VQMPGMKPGP DSVGIFAISQ 201: RCNGVAARAC GLVSLEPMKI AEILKDRPSW FRDCRSLEVF TMFPAGNGGT IELVYMQTYA PTTLAPARDF WTLRYTTSLD NGSFVVCERS LSGSGAGPNA 301: ASASQFVRAE MLSSGYLIRP CDGGGSIIHI VDHLNLEAWS VPDVLRPLYE SSKVVAQKMT ISALRYIRQL AQESNGEVVY GLGRQPAVLR TFSQRLSRGF 401: NDAVNGFGDD GWSTMHCDGA EDIIVAINST KHLNNISNSL SFLGGVLCAK ASMLLQNVPP AVLIRFLREH RSEWADFNVD AYSAATLKAG SFAYPGMRPT 501: RFTGSQIIMP LGHTIEHEEM LEVVRLEGHS LAQEDAFMSR DVHLLQICTG IDENAVGACS ELIFAPINEM FPDDAPLVPS GFRVIPVDAK TGDVQDLLTA 601: NHRTLDLTSS LEVGPSPENA SGNSFSSSSS RCILTIAFQF PFENNLQENV AGMACQYVRS VISSVQRVAM AISPSGISPS LGSKLSPGSP EAVTLAQWIS 701: QSYSHHLGSE LLTIDSLGSD DSVLKLLWDH QDAILCCSLK PQPVFMFANQ AGLDMLETTL VALQDITLEK IFDESGRKAI CSDFAKLMQQ GFACLPSGIC 801: VSTMGRHVSY EQAVAWKVFA ASEENNNNLH CLAFSFVNWS FV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)