AT5G44130.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: extracellular,plasma membrane What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : FASCICLIN-like arabinogalactan protein 13 precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FASCICLIN-like arabinogalactan protein 13 precursor (FLA13); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, anchored to membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FAS1 domain (InterPro:IPR000782); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FASCICLIN-like arabinoogalactan 9 (TAIR:AT1G03870.1); Has 960 Blast hits to 947 proteins in 155 species: Archae - 12; Bacteria - 234; Metazoa - 13; Fungi - 0; Plants - 680; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 21 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17761128..17761871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26206.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 247 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTPLLLLL LTAVFLSTEI TAQRAAPAPG PAGPINITAI LEKGGQFVTL IRLLNTTQIG NQINIQINSS SEGMTVLAPT DNAFQNLKPG TLNKLSPDDQ 101: VKLILYHVSP KFYTLEDLLS VSNPVRTQAS GRDVGGVYGL NFTGQGNQVN VSTGVVETRL STSLRQERPL AVYVVDMVLL PEEMFGERKI SPMAPPPKSK 201: SPDVSDDSES SKKAAAPSES EKSGSGEMNT GLGLGLGLVV LCLKFLL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)