AT5G22330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RESISTANCE TO PSEUDOMONAS SYRINGAE PV MACULICOLA INTERACTOR 1 (RIN1); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: meristem development, regulation of defense response to fungus, incompatible interaction; LOCATED IN: nucleolus, nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TIP49, C-terminal (InterPro:IPR010339), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT3G49830.1); Has 3940 Blast hits to 3882 proteins in 1253 species: Archae - 399; Bacteria - 2038; Metazoa - 370; Fungi - 432; Plants - 137; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 564 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7391026..7394071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50326.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 458 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKVKIEEIQ STAKKQRIAT HTHIKGLGLE PTGIPIKLAA GFVGQLEARE AAGLVVDMIK QKKMAGKALL LAGPPGTGKT ALALGISQEL GSKVPFCPMV 101: GSEVYSSEVK KTEVLMENFR RAIGLRIKET KEVYEGEVTE LSPEETESLT GGYGKSISHV VITLKTVKGT KHLKLDPTIY DALIKEKVAV GDVIYIEANS 201: GAVKRVGRSD AFATEFDLEA EEYVPLPKGE VHKKKEIVQD VTLQDLDAAN ARPQGGQDIL SLMGQMMKPR KTEITDKLRQ EINKVVNRYI DEGVAELVPG 301: VLFIDEVHML DMECFSYLNR ALESSLSPIV IFATNRGVCN VRGTDMPSPH GVPIDLLDRL VIIRTQIYDP SEMIQIIAIR AQVEELTVDE ECLVLLGEIG 401: QRTSLRHAVQ LLSPASIVAK MNGRDNICKA DIEEVTSLYL DAKSSAKLLH EQQEKYIS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)