AT5G07680.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : NAC domain containing protein 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
NAC domain containing protein 80 (NAC080); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: multicellular organismal development, regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 100 (TAIR:AT5G61430.1); Has 3092 Blast hits to 3083 proteins in 75 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3092; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2436092..2437322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 37519.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METFGVFHKE DDEQMDLPPG FRFHPTDEEL ITHYLHKKVL DLGFSAKAIG EVDLNKAEPW ELPYKAKIGE KEWYFFCVRD RKYPTGLRTN RATQAGYWKA 101: TGKDKEIFRG KSLVGMKKTL VFYRGRAPKG QKTNWVMHEY RLDGKLSAHN LPKTAKNEWV ICRVFHKTAG GKKIPISTLI RIGSYGTGSS LPPLTDSSPY 201: NDKTKTEPVY VPCFSNQAET RGTILNCFSN PSLSSIQPDF LQMIPLYQPQ SLNISESSNP VLTQEQSVLQ AMMENNRRQN FKTLSISQET GVSNTDNSSV 301: FEFGRKRFDH QEVPSPSSGP VDLEPFWNY |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)