AT5G04620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : biotin F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The cDNA encoding 7-keto-8-aminopelargonic acid (KAPA) synthase, the first committed enzyme of the biotin synthesis pathway has been cloned and its molecular function confirmed (functional complementation of an E. coli mutant). The subcellular localization of the enzyme (cytosol) proves that the biotin biosynthesis in plants takes place in different compartments which differs from the biosynthetic route found in microorganisms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
biotin F (BIOF); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long chain base2 (TAIR:AT5G23670.2); Has 10202 Blast hits to 10184 proteins in 2138 species: Archae - 77; Bacteria - 6906; Metazoa - 648; Fungi - 572; Plants - 222; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1768 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1328004..1329934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37310.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 343 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGPKGSALIC GYTTYHRLLE SSLAQLKKKE DCLVCPTGFA ANMAAMVAIG SVASLLAASG KPLKNEKVAI FSDALNHASI IDGVRLAERQ GNVEVFVYRH 101: CDMYHLNSLL SNCKMKRKVV VTDSLFSMDG DFAPMEELSQ LRKKYGFLLV IDDAHGTFVC GENGGGVAEE FNCEADVDLC VGTLSKAAGC HGGFIACSKK 201: WKQLIQSRGR SFIFSTAIPV PMAAAAYAAV VVARKEIWRR KAIWERVKEF KELSGVDISS PIISLVVGNQ EKALKASRYL LKSGFHVMAI RPPTVPPNSC 301: RLRVTLSAAH TTEDVKKLIT ALSSCLDFDN TATHIPSFLF PKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)