AT4G39200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S25 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S25 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S25 (InterPro:IPR004977); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S25 family protein (TAIR:AT2G21580.1); Has 691 Blast hits to 691 proteins in 239 species: Archae - 24; Bacteria - 0; Metazoa - 283; Fungi - 141; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18257464..18258464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12053.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 108 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKKDKVPP PSSKPAKSGG GKQKKKKWSK GKQKEKVNNM VLFDQATYDK LLTEAPKFKL ITPSILSDRM RINGSLARRA IRELMAKGVI RMVAAHSSQQ 101: IYTRATNT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)