AT4G01540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.966 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NAC with transmembrane motif1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a membrane-bound NAC (for NAM, ATAF1/2, CUC2) transcription factor, designated NTM1 (for NAC with transmembrane motif1). NTM1 regulates cell division in Arabidopsis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NAC with transmembrane motif1 (NTM1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 67 (TAIR:AT4G01520.1); Has 2751 Blast hits to 2734 proteins in 73 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2749; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:670483..672629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53601.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 473 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMKGLIGYRF SPTGEEVINH YLKNKLLGKY WLVDEAISEI NILSHKPSKD LPKLARIQSE DLEWYFFSPI EYTNPNKMKM KRTTGSGFWK PTGVDREIRD 101: KRGNGVVIGI KKTLVYHEGK SPHGVRTPWV MHEYHITCLP HHKRKYVVCQ VKYKGEAAEI SYEPSPSLVS DSHTVIAITG EPEPELQVEQ PGKENLLGMS 201: VDDLIEPMNQ QEEPQGPHLA PNDDEFIRGL RHVDRGTVEY LFANEENMDG LSMNDLRIPM IVQQEDLSEW EGFNADTFFS DNNNNYNLNV HHQLTPYGDG 301: YLNAFSGYNE GNPPDHELVM QENRNDHMPR KPVTGTIDYS SDSGSDAGSI STTSYQGTSS PNISVGSSSR HLSSCSSTDS CKDLQTCTDP SIISREIREL 401: TQEVKQEIPR AVDAPMNNES SLVKTEKKGL FIVEDAMERN RKKPRFIYLM KMIIGNIISV LLPVKRLIPV KKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)