AT3G59200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.972 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT4G14096.1); Has 2158 Blast hits to 2093 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2158; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:21887484..21889214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59001.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 520 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDFVSRDRIS SLPNPVVSHI LSFLPTKEAA STSVLSKKWR YLFAYVTNLD FDDSDYQDGK PKSDVELSRS FMEFVDRVLA LQGNGSVNKF SLECSNYDVD 101: LARVTGWILN VLGRGVSELD LSILEYPLPS EIFVSKTLVR LKLGPANDLT LTLDRKDVFL PKLKTLYIDC VDVQERGFGF VKLLSGCPVL EELVLMNIGW 201: ENWKFCSVSV KTLKRLTFFC EETYENPKSV SFDTPNLVYL EYSDAIASKY PKVNFNSLVE AHIGLRLTED QSGDADFSEE DYFSEGDEKK QMVGNATDFL 301: KGISTVQILY LSAQAIEVLT FCCEPIPVFN NLIQLTIENN SEIRWDSLPG LLKNCPNLET LVLKRLLHKY NKACGNVCCC KRPKQPSCLS SSPVKVLKIF 401: LFDDNDEEDG SEMRQIKYFL EKMPRLEELV VYYNTAYDPA VLELSKKLQK IPKIASPKCK IQVISENLSL SSTVPSFLTT RWSSLPPEEA YPWVDSPPPQ 501: IIDPMLEYGS PPEDDDSWLY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)