AT3G53650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Histone superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Histone superfamily protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H2B (InterPro:IPR000558), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Histone superfamily protein (TAIR:AT2G37470.1); Has 3251 Blast hits to 3245 proteins in 328 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2223; Fungi - 201; Plants - 465; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 360 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19889358..19889774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15225.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 138 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKAAEKKP AGKKPAEKAP AEKLPKAEKK ITKEGGSEKK KKKSKKNIET YKIYIFKVLK QVHPDIGISG KAMGIMNSFI NDIFEKLAQE SSRLARYNKK 101: PTITSREIQT AVRLVLPGEL SKHAVSEGTK AVTKFTSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)