AT3G09480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Histone superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Histone superfamily protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: nucleosome assembly; LOCATED IN: nucleus, nucleosome; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone H2B (InterPro:IPR000558), Histone-fold (InterPro:IPR009072), Histone core (InterPro:IPR007125); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Histone superfamily protein (TAIR:AT5G02570.1); Has 3226 Blast hits to 3226 proteins in 338 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2242; Fungi - 198; Plants - 460; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 326 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2914890..2915270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13968.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 126 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPKAEKKPS EKAPKADKKI TKEGGSERKK KTKKSTETYK IYLFKVLKQV HPDIGISGKA MGIMNSFIND TFEKIALESS RLARYNKKPT ITSREIQTAV 101: RLVLPGELAK HAVSEGTKAV TKFTSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)