AT3G23920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-amylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast beta-amylase. Is necessary for leaf starch breakdown in the absence of BAM3. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-amylase 1 (BAM1); FUNCTIONS IN: beta-amylase activity; INVOLVED IN: response to water deprivation, starch catabolic process; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14, conserved site (InterPro:IPR018238), Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast beta-amylase (TAIR:AT4G17090.1); Has 845 Blast hits to 843 proteins in 168 species: Archae - 0; Bacteria - 89; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 691; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8641722..8644199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63765.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 575 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALNLSHQLG VLAGTPIKSG EMTDSSLLSI SPPSARMMTP KAMNRNYKAH GTDPSPPMSP ILGATRADLS VACKAFAVEN GIGTIEEQRT YREGGIGGKK 101: EGGGGVPVFV MMPLDSVTMG NTVNRRKAMK ASLQALKSAG VEGIMIDVWW GLVEKESPGT YNWGGYNELL ELAKKLGLKV QAVMSFHQCG GNVGDSVTIP 201: LPQWVVEEVD KDPDLAYTDQ WGRRNHEYIS LGADTLPVLK GRTPVQCYAD FMRAFRDNFK HLLGETIVEI QVGMGPAGEL RYPSYPEQEG TWKFPGIGAF 301: QCYDKYSLSS LKAAAETYGK PEWGSTGPTD AGHYNNWPED TQFFKKEGGG WNSEYGDFFL SWYSQMLLDH GERILSSAKS IFENMGVKIS VKIAGIHWHY 401: GTRSHAPELT AGYYNTRFRD GYLPIAQMLA RHNAIFNFTC IEMRDHEQPQ DALCAPEKLV NQVALATLAA EVPLAGENAL PRYDDYAHEQ ILKASALNLD 501: QNNEGEPREM CAFTYLRMNP ELFQADNWGK FVAFVKKMGE GRDSHRCREE VEREAEHFVH VTQPLVQEAA VALTH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)