AT3G13970.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:cytosol 0.994 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
AUTOPHAGY 12 B (APG12B); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: autophagy; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 12 (InterPro:IPR007242); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-like superfamily protein (TAIR:AT1G54210.1); Has 304 Blast hits to 304 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 108; Fungi - 124; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4613696..4614794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 10358.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 94 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MATESPNSVQ KIVVHLRATG GAPILKQSKF KVSGSDKFAN VIDFLRRQLH SDSLFVYVNS AFSPNPDESV IDLYNNFGFD GKLVVNYACS MAWG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)