AT3G10590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Duplicated homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Duplicated homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), SANT, eukarya (InterPro:IPR017884), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Duplicated homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT4G09450.1); Has 905 Blast hits to 899 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 806; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3310424..3311311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23934.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 206 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSPRWTED DNRRFKSALS QFPPDNKRLV NVAQHLPKPL EEVKYYYEKL VNDVYLPKPL ENVTQHLQKP MEMEEMKYMY EKMANDVNQM PEYVPLAESS 101: QSKRRKKDTP NPWTEEEHRL FLQGLKKYGE GASTLTSTNF VKTKTPRQVS SHAQYYKRQK SDNKKEKRRS IFDITLESTE GNPDSGNQNP PDDDDPSQGQ 201: GTCLGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)