AT3G03750.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain protein 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SET domain protein 20 (SDG20); FUNCTIONS IN: zinc ion binding, histone-lysine N-methyltransferase activity; INVOLVED IN: chromatin modification; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SET domain (InterPro:IPR001214), Pre-SET domain (InterPro:IPR007728), Post-SET domain (InterPro:IPR003616), AWS (InterPro:IPR006560); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SU(VAR)3-9 homolog 3 (TAIR:AT1G73100.1); Has 3083 Blast hits to 3057 proteins in 283 species: Archae - 0; Bacteria - 58; Metazoa - 1675; Fungi - 416; Plants - 716; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 218 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:939976..941511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37004.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 338 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQRLRESPPP KTRCLGEASD IIPAADRFLR CANLILPWLN PRELAVVAQT CKTLSLISKS LTIHRSLDAA RSLENISIPF HNSIDSQRYA YFIYTPFQIP 101: ASSPPPPRQW WGAAANECGS ESRPCFDSVS ESGRFGVSLV DESGCECERC EEGYCKCLAF AGMEEIANEC GSGCGCGSDC SNRVTQKGVS VSLKIVRDEK 201: KGWCLYADQL IKQARRRQNI YDKLRSTQSF ASALLVVREH LPSGQACLRI NIDATRIGNV ARFINHSCDG GNLSTVLLRS SGALLPRLCF FAAKDIIAEE 301: ELSFSYGDVS VAGENRDDKL NCSCGSSCCL GTLPCENT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)