AT2G42940.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Predicted AT-hook DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Predicted AT-hook DNA-binding family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: leaf whorl, sepal, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956), Predicted AT-hook DNA-binding (InterPro:IPR014476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Predicted AT-hook DNA-binding family protein (TAIR:AT2G35270.1); Has 767 Blast hits to 762 proteins in 28 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 756; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17862497..17863270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 27005.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 9.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 257 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGGTALTPT SVGSKSVPMR NHEATERGNT NNNLRALPKA VQPVSSIEGE MAKRPRGRPA GSKNKPKPPI IVTHDSPNSL RANAVEISSG CDICETLSDF 101: ARRKQRGLCI LSANGCVTNV TLRQPASSGA IVTLHGRYEI LSLLGSILPP PAPLGITGLT IYLAGPQGQV VGGGVVGGLI ASGPVVLMAA SFMNAVFDRL 201: PMDDDEAASM QNQQYYQNGR SRPLDDIHGL PQNLLTNGNS ASDIYSWGPA QRVMSKP |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)