AT2G22630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a MADs domain containing protein involved in promoting flowering. Loss of function mutations show delayed flowering in long days and reduced levels of LFY and AP1 expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 17 (AGL17); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: positive regulation of long-day photoperiodism, flowering; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AGAMOUS-like 21 (TAIR:AT4G37940.1); Has 7392 Blast hits to 7386 proteins in 937 species: Archae - 2; Bacteria - 31; Metazoa - 726; Fungi - 311; Plants - 6203; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 119 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9618372..9621641 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26315.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 227 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRGKIVIQK IDDSTSRQVT FSKRRKGLIK KAKELAILCD AEVCLIIFSN TDKLYDFASS SVKSTIERFN TAKMEEQELM NPASEVKFWQ REAETLRQEL 101: HSLQENYRQL TGVELNGLSV KELQNIESQL EMSLRGIRMK REQILTNEIK ELTRKRNLVH HENLELSRKV QRIHQENVEL YKKAYGTSNT NGLGHHELVD 201: AVYESHAQVR LQLSQPEQSH YKTSSNS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)