AT1G76860.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.972 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Small nuclear ribonucleoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Small nuclear ribonucleoprotein family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain (InterPro:IPR001163), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain, eukaryotic/archaea-type (InterPro:IPR006649), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM)-related domain (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Small nuclear ribonucleoprotein family protein (TAIR:AT1G21190.1); Has 1289 Blast hits to 1289 proteins in 302 species: Archae - 306; Bacteria - 0; Metazoa - 397; Fungi - 221; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 187 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28854594..28855637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11286.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 98 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MSGEEEATVR EPLDLIRLSL DERIYVKLRS DRELRGKLHA FDQHLNMILG DVEETITTVE IDDETYEEIV RTTKRTIEFL FVRGDGVILV SPPLRTAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)