AT1G67990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.831 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a tapetum-specific O-methyltransferase. In vitro enzyme assay indicated activity with caffeoyl-CoA, caffeoyl glucose, chlorogenic acid and polyamine conjugates. RNAi mutants had impaired silique development and seed setting. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TSM1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: O-methyltransferase, family 3 (InterPro:IPR002935); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: caffeoyl-CoA 3-O-methyltransferase (TAIR:AT1G67980.1); Has 5258 Blast hits to 5256 proteins in 1447 species: Archae - 33; Bacteria - 3126; Metazoa - 157; Fungi - 79; Plants - 608; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1255 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25489494..25490749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26352.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGRLPDKGI LKSEALKQYI METTAYPREH ELLKELREAT IQRYGNLSEM GVPVDESLFL SMLVKIINAK NTIEIGVFTG YSLFTVALAL PEDGRITAID 101: IDQAGYNLGL EFMKKAGVDH KINFIQSDAV RGLDQLLNGE KQEYDFAFVD ADKTNYVYFL EKLLKLVKVG GIIAFDNTLW FGTLIQKENE VPGHMRAYRE 201: ALLEFNKILA RDPRVEIAQI SIGDGLTLCR RLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)