AT1G55900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
component of a translocase in the mitochondrial inner membrane | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TIM50; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial inner membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NLI interacting factor (InterPro:IPR004274); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein (TAIR:AT1G29780.1); Has 2137 Blast hits to 2133 proteins in 243 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 726; Fungi - 412; Plants - 369; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 622 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20903163..20905420 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42642.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 376 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASIVLRSRL LPRLAKLRSR NLRCFSAEAS STNSTSRYSG VTSTQSMFSD FPPPNQPPPP PPPQVEAAAA AATGKERKGL KYLGYALLWA LTGATAATGY 101: ASFAYTIDEV NEKTKAFRES ATKTPVIKSS GIDVIDKYQT KLYSAAMTGS ARAIDKYLEL REIVEEQVKG FTEPLSEKLL PDLHPAEQHV FTLVLDLNET 201: LLYTDWKRER GWRTFKRPGV DAFLEHLGKF YEIVVYSDQM EMYVLPVCEK LDPNGYIRYK LARGATKYEN GKHYRDLSKL NRDPKKILFV SANAFESTLQ 301: PENSVPIKPY KLEADDTALV DLIPFLEYVA RNSPADIRPV LASFERKDIA KEFIDRSIEY QKRKQGQLGQ GRFWRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)