AT1G53520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chalcone-flavanone isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Chalcone-flavanone isomerase family protein; FUNCTIONS IN: chalcone isomerase activity, intramolecular lyase activity; INVOLVED IN: cellular amino acid derivative biosynthetic process, flavonoid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chalcone isomerase, subgroup (InterPro:IPR003466), Chalcone isomerase, 3-layer sandwich (InterPro:IPR016088), Chalcone isomerase (InterPro:IPR016087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chalcone-flavanone isomerase family protein (TAIR:AT3G55120.1); Has 396 Blast hits to 396 proteins in 76 species: Archae - 0; Bacteria - 5; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 376; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19976485..19977915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30730.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGILAAVPS AVCVSLRISC RNLDNAESIY HFPGKSLNRV SVLQTGNYVS RKGNSLLKNR HCGEISRVIV KSAASSVGNA EDYAEETATS VKFKRSVTLP 101: GCSSPLSLLG TGFREKKFAI IGVKVYAAGY YVNESILSGL SAWTGRSADE IQRDSSLFVS IFQAQAEKSL QIVLVRDVDG KTFWDALDEA ISPRIKSPSS 201: EDTTALSTFR GIFQNRPLNK GSVILLTWIN TSNMLVSVSS GGLPTNVDAT IESGNVTSAL FDVFFGDSPV SPTLKSSVAN QLAMTLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)