AT1G35240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : auxin response factor 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
auxin response factor 20 (ARF20); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aux/IAA-ARF-dimerisation (InterPro:IPR011525), Transcriptional factor B3 (InterPro:IPR003340), AUX/IAA protein (InterPro:IPR003311), Auxin response factor (InterPro:IPR010525); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: auxin response factor 21 (TAIR:AT1G34410.1); Has 2463 Blast hits to 2070 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2460; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:12927457..12930523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66973.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 590 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METGNVVNAQ PELSGIIDGS KSYMYEQLWK LCAGPLCDIP KLGENVYYFP QGNIELVDAS TREELNELQP ICDLPSKLQC RVIAIHLKVE NNSDETYAEI 101: TLMPDTTQVV IPTQSENQFR PLVNSFTKVL TASDTSAYGG FFVPKKHAIE CLPPLPLPAQ ELLAKDLHGN QWRFRHSYRG TPQRHSLTTG WNEFTTSKKL 201: VKGDVIVFVR GETGELRVGI RRARHQQGNI PSSIVSIDCM RHGVIASAKH ALDNQCIFIV VYKPSIRSSQ FIVSYDKFLD AMNNKFIVGS RFTMRFEGDD 301: FSERRYFGTI IGVNDFSPHW KCSEWRSLEV QWDEFASFSR PNKVSPWEIE HLMSALNVPR SSLLKNKRLR EVNEFGQEIG QLSVASPMNT SLRYRDTTED 401: AMNPSRLLMS YPVQPMPKLN YNNQMVTQIE ENITTKAVTN FRLFGVSLAI PLVIKDPIEE IGSDISKLTE GKKFGQSQTL RSPIEIQSKQ FGSTRTCTKV 501: QMQGVTIGRA VDLSVLNGYD QLILELEKLF DLKGQLQTRN QWKIAFTDSD GYEMLVGDDP WPEFCKMVKK ILIYSKEEVK NLKSSKSLSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)