AT1G30040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.920 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 2-oxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gibberellin 2-oxidase that acts on C-19 gibberellins. AtGA2OX2 expression is responsive to cytokinin and KNOX activities. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 2-oxidase (GA2OX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 2-oxidase 3 (TAIR:AT2G34555.1); Has 8540 Blast hits to 8490 proteins in 994 species: Archae - 0; Bacteria - 1137; Metazoa - 84; Fungi - 1033; Plants - 4909; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1377 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10537769..10539570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38459.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVLPQPVTL DNHISLIPTY KPVPVLTSHS IPVVNLADPE AKTRIVKACE EFGFFKVVNH GVRPELMTRL EQEAIGFFGL PQSLKNRAGP PEPYGYGNKR 101: IGPNGDVGWI EYLLLNANPQ LSSPKTSAVF RQTPQIFRES VEEYMKEIKE VSYKVLEMVA EELGIEPRDT LSKMLRDEKS DSCLRLNHYP AAEEEAEKMV 201: KVGFGEHTDP QIISVLRSNN TAGLQICVKD GSWVAVPPDH SSFFINVGDA LQVMTNGRFK SVKHRVLADT RRSRISMIYF GGPPLSQKIA PLPCLVPEQD 301: DWLYKEFTWS QYKSSAYKSK LGDYRLGLFE KQPLLNHKTL V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)