AT1G05140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase M50 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase M50 family protein; FUNCTIONS IN: metalloendopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M50 (InterPro:IPR008915), PDZ/DHR/GLGF (InterPro:IPR001478), Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase (InterPro:IPR004387); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARABIDOPSIS SERIN PROTEASE (TAIR:AT2G32480.1); Has 10190 Blast hits to 7652 proteins in 2240 species: Archae - 41; Bacteria - 6892; Metazoa - 13; Fungi - 4; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1482681..1484006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47777.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLLNISSSPI SHRIPHFLSD FNNPTSNFPP KSKTHLPKSN LSTLSNHSLY GTKNRAFYKN KRNPYNRTQA LGRFDFGSLE SVLEASAVLT AIIVVHETGH 101: FLAASLQGIR VSKFAIGFGP ILAKFNSNNV EYSLRAFPLG GFVGFPDNDP DSDIPVDDRN LLKNRPILDR VIVVSAGIVA NVIFAYAIIF TQVVSVGLPV 201: QESFPGVLVP DVKSFSAASR DGLLPGDVIL AVDGTELSNS GSDSVSKVVD VVKRNPEHNV LLRIERGKES FEIRITPDKS FDGTGKIGVQ LSPNVRFGKV 301: RPKNIPETFS FAGREFFGLS YNVLDSLKQT FLNFSQTASK VAGPVAIIAV GAEVARSNAD GLYQFAALLN LNLAVINLLP LPALDGGTLA LILLEAVRGG 401: RKLPLEVEQG IMSSGIMLVL FLGLFLIVKD TLNLDFIKEM L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)