AT2G43680.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : IQ-domain 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
IQ-domain 14 (IQD14); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IQ-domain 13 (TAIR:AT3G59690.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18109302..18111587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74286.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 668 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKKGSWFSA IKRVFTPHSK EKLANEPERK SGKEKKKKGF GKLRHGETNS FLPIFREPSS IEKILGEAER DHNLVFRPPT PDRPNPYSAS PPPRPASPRV 101: ASPRPTSPRV ASPRVPSPRA EVPRTLSPKP PSPRAEVPRS LSPKPPSPRA DLPRSLSPKP FDRSKPSSAS ANAPPTLRPA STRVPSQRIT PHSVPSPRPS 201: SPRGASPQAI SSKPPSPRAE PPTLDTPRPP SPRAASLRAD PPRLDAARPT TPRPPSPLAD APRLDAPRPT TPKPPSPRSD PPRLDAPRPT TPKPPSPRSV 301: SPRAVQRREI VYRPEPTLPV QHASATKIQG AFRGYMARKS FRALKGLVRL QGVVRGYSVK RQTINAMKYM QQVVRVQSQI QSRRIKMLEN QAQVEKDEAK 401: WAASEAGNDN WDDSVLTKEE RDSRSQRKTD AIIKRERSMA YAYSRKLWKN SPKSTQDNRS FPQWWNWVDR QNPLASPAPS YSQPQRDFRL TPSRLCPSPL 501: SQSSKQHHIR LDNHFDTSTP RSSRSTFHTP SRPIHTGTSR YSRGRLRGQD SPFKDDDSLT SCPPFPSYMA PTVSAKAKVR PNSNPKERVM GTPVSEKRRM 601: SYPPTQDTFR WNKGSLVMSN SSSHRGPGSP GGVVLEKHKT LKSVGNLSIG STASMATTVG RKEFNRFV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)