AT5G38940.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RmlC-like cupins superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RmlC-like cupins superfamily protein; FUNCTIONS IN: manganese ion binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: fruit, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin (InterPro:IPR001929), Germin, manganese binding site (InterPro:IPR019780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT5G38930.1); Has 1503 Blast hits to 1499 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 39; Plants - 1443; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15588771..15589526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23651.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMKSLSFLA VLSLLALTLP LAIASDPSQL QDFCVSANTS ANGVFVNGKF CKDPKLVTAD DFFFSGLQTA RPITSPVGST VTAVNVNNLL GLNTLGISLV 101: RIDYAVNGQN PPHTHPRATE ILVVEQGTLL VGFVTSNPDN RLFSKVLNEG DVFVFPEGLI HFQANIGKAP AVAFAALSSQ NPGVITIANT VFGANPAINP 201: TILAKAFQLN PRVVMDLQTK FKK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)