AT5G58180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.719 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Synaptobrevin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of YKT6 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATYKT62; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: egg cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388), Longin-like (InterPro:IPR011012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNARE-like superfamily protein (TAIR:AT5G58060.1); Has 1250 Blast hits to 1250 proteins in 234 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 351; Fungi - 294; Plants - 343; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 262 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:23544011..23545157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22910.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 199 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKITALLVLK CDPETREPVI LANVSDLSQF GKFSFYRSNF EEFIVFIART VARRTPPGQR QSVKHEEYKV HAYNINGLCA VGFMDDHYPV RSAFSLLNQV 101: LDVYQKDYGD TWRFENSSQP WPYLKEASDK FRDPAEADKL LKIQRELDET KIILHKTIDG VLARGEKLDS LVEKSSELSL ASKMFYKQAK KTNSCCTLL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)