AT5G15250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an FtsH protease that is localized to the chloroplast. AtFtsH6 is involved in the degradation of both Lhcb3 and Lhcb1 during senescence and high-light acclimation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 6 (FTSH6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642), Peptidase M41, FtsH extracellular (InterPro:IPR011546); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FtsH extracellular protease family (TAIR:AT2G30950.1); Has 36407 Blast hits to 33937 proteins in 3209 species: Archae - 1599; Bacteria - 12070; Metazoa - 5030; Fungi - 3920; Plants - 3423; Viruses - 32; Other Eukaryotes - 10333 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4950411..4952777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74519.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 688 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKMASSSSAL SFPLSNIPTC SKKSQQFQKP ASLSKSSHTH KPSLKTQILH HKFTKRNLLS LTTALGFTSA LGTVLAHPAK AEPEAPIEAT SNRMSYSRFL 101: QHLKENEVKK VDLIENGTVA IVEISNPVVG KIQRVRVNLP GLPVDLVREM KEKNVDFAAH PMNVNWGAFL LNFLGNLGFP LILLVSLLLT SSSRRNPAGP 201: NLPFGLGRSK AKFQMEPNTG ITFEDVAGVD EAKQDFEEIV EFLKTPEKFS ALGAKIPKGV LLTGPPGTGK TLLAKAIAGE AGVPFFSLSG SEFIEMFVGV 301: GASRARDLFN KAKANSPCIV FIDEIDAVGR MRGTGIGGGN DEREQTLNQI LTEMDGFAGN TGVIVIAATN RPEILDSALL RPGRFDRQVS VGLPDIRGRE 401: EILKVHSRSK KLDKDVSLSV IAMRTPGFSG ADLANLMNEA AILAGRRGKD KITLTEIDDS IDRIVAGMEG TKMIDGKSKA IVAYHEVGHA ICATLTEGHD 501: PVQKVTLVPR GQARGLTWFL PGEDPTLVSK QQLFARIVGG LGGRAAEDVI FGEPEITTGA AGDLQQVTEI ARQMVTMFGM SEIGPWALTD PAVKQNDVVL 601: RMLARNSMSE KLAEDIDSCV KKIIGDAYEV AKKHVRNNRE AIDKLVDVLL EKETLTGDEF RAILSEYTDQ PLNTDGDVRI RINDLISV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)