AT4G37720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : phytosulfokine 6 precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Probable phytosulfokines 6 precursor, coding for a unique plant peptide growth factor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phytosulfokine 6 precursor (PSK6); FUNCTIONS IN: growth factor activity; INVOLVED IN: cell proliferation, cell differentiation, organ morphogenesis; LOCATED IN: extracellular matrix; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phytosulfokine (InterPro:IPR009438); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phytosulfokine 2 precursor (TAIR:AT2G22860.1); Has 132 Blast hits to 132 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 132; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17718961..17719318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 9701.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 87 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MANLSTLITI ALLLCATMLT CSARPEPAYF ASFTTSPADT LSLEMIESKL HEVAGESCDK EDDEDCLVRR TLTAHLDYIY THKNNHH | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)