AT4G24890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : purple acid phosphatase 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
purple acid phosphatase 24 (PAP24); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, acid phosphatase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cell wall; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: C globular stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Purple acid phosphatase-like, N-terminal (InterPro:IPR008963); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: purple acid phosphatase 27 (TAIR:AT5G50400.1); Has 1710 Blast hits to 1696 proteins in 329 species: Archae - 2; Bacteria - 449; Metazoa - 190; Fungi - 73; Plants - 756; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 240 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12811510..12814440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69129.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 615 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARVLGVLLC LLALFSSSLC LDHANGRGDQ ALAQINVYET SLALDSSVKL HASPQVLGSQ GEDTEWVNLA ISNPKPTSDD WIGVFSPAKF DSGNCWPTSG 101: GKEKTPYICS SPIKYMYCNS HPDYMKSGNV TLKFQIINQR ADVSFALFSN GVQEPHLLGV SNPVAFFNPK APVYPRLALG KNWDEMTVTW TSGYNIDEAV 201: PFIEWSAKGL PARRSPAGTL TFNRNSMCGN PARGVGWRDP GFFHTSFLKE LWPNREYIYR LGHDLVNGST IWSKNYTFVS SPYPGQDSKQ RVIIFGDMGK 301: GERDGSNEYN DYQPGSLNTT DQVIKDLKDI DIVFHIGDLT YSNGYLSQWD QFTAQVQPIA STVPYMIASG NHERDWPDTG SFYAGTDSGG ECGVPAETMF 401: YFPAENRAKF WYKTDYGMFR FCVADSEHDW REGTEQYKFI ENCLATVDRK TQPWLIFIAH RVLGYSTNDW YGKEGTFEEP MGRESLQKLW QKYKVDLAFY 501: GHVHNYERTC PIYESQCVNN DKDHYSGTFK GTIHVVVGGA GSHLSPFSSL VPKWSLVRDY DFGFVKLTAS DHSSLLFEYK KSSTGQVYDS FNISRDYRDV 601: LACTHDSCEP TTSAG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)