AT2G43600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chitinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Chitinase family protein; FUNCTIONS IN: chitin binding, chitinase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cell wall macromolecule catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: shoot apex, sperm cell, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chitinase family protein (TAIR:AT1G56680.1); Has 1828 Blast hits to 1819 proteins in 335 species: Archae - 0; Bacteria - 297; Metazoa - 13; Fungi - 22; Plants - 1436; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 59 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18086049..18087018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30922.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIKNVIFSL FILAILAETV FSQNCMDTSC PGLKECCSRW GFCGTKDEYC GFFCFSGPCN IKGKSYGYDY NVDAGPRGKI ETVITSALFD SIMSKVESNC 101: SAKGFYTYEA FITAFKSFGA YKGKVAKREI AAILAHFSYG SKSFCYKEEI SNERYCSKSK KYPCEPGKNY YGRGLLQSIT WNEYYGAGKH LGLPLLKDPD 201: LVSRSPEVAF KFAMWFWNRN VRPALYLGFG EITKRVDGRE CGNWRRDDTK NKVKQYIEFC EMLGVTPDQG LDC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)