AT1G78840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.894 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein (TAIR:AT5G22670.1); Has 1766 Blast hits to 1735 proteins in 26 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1762; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29639290..29640817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50512.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENKDLISQL LPDHVLHEIL LKLATKDSVK TSILSTRWRY IWQRVPGLDL NQTNFRYKGL KGFVNRFLDL DKKSLIYQLK LEFDGRKYET EGSLFNKWVD 101: SVVTRGVQHL VNNYCPIKLP GSISMCETLV HLKLVEVGID SFDSVSLPRL ETMHLLSVWF SSEAALERLI SSSPVLQVLY IEKVWNVEVI RVRSQTLYSL 201: RMRIWKRDLD WNKDLTKIGL VIDAPRLKSL NLQIHRFKDL VLNSVCSPLK VDISISKGEF NPINSLTMKT LRTFIAWISN VTNLALNYCC LEAMYAYSSS 301: EPLPQFSNLT HLEVSMDSSC LKLLPTFLAS CPNLKSLELW VHDHRLDILD ISRSTMPKCL LISLKFVTIY STAMISSSVE NQVETELVKY ILGNAAVVKE 401: LTLRFILWAE EHRFQLSKQI LAFPKLSSAC QVFLHSSFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)