AT1G55600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY DNA-binding protein 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group I. It has WRKY domain at its N terminal end and zinc-finger like motif. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY DNA-binding protein 10 (WRKY10); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY DNA-binding protein 34 (TAIR:AT4G26440.1); Has 14094 Blast hits to 8305 proteins in 616 species: Archae - 9; Bacteria - 1680; Metazoa - 3148; Fungi - 1347; Plants - 4061; Viruses - 262; Other Eukaryotes - 3587 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20774049..20776293 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54554.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDFDENFIE MTSYWAPPSS PSPRTILAML EQTDNGLNPI SEIFPQESLP RDHTDQSGQR SGLRERLAAR VGFNLPTLNT EENMSPLDAF FRSSNVPNSP 101: VVAISPGFSP SALLHTPNMV SDSSQIIPPS SATNYGPLEM VETSGEDNAA MMMFNNDLPY QPYNVDLPSL EVFDDIATEE SFYIPSYEPH VDPIGTPLVT 201: SFESELVDDA HTDIISIEDS ESEDGNKDDD DEDFQYEDED EDQYDQDQDV DEDEEEEKDE DNVALDDPQP PPPKRRRYEV SNMIGATRTS KTQRIILQME 301: SDEDNPNDGY RWRKYGQKVV KGNPNPRSYF KCTNIECRVK KHVERGADNI KLVVTTYDGI HNHPSPPARR SNSSSRNRSA GATIPQNQND RTSRLGRAPP 401: TPTPPTPPPS SYTPEEMRPF SSLATEIDLT EVYMTGISML PNIPVYENSG FMYQNDEPTM NAMPDGSDVY DGIMERLYFK FGVDM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)