AT5G58782.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.992 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein; FUNCTIONS IN: dehydrodolichyl diphosphate synthase activity; INVOLVED IN: dolichol biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: ovule, embryo, sepal, pedicel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site (InterPro:IPR018520), Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like (InterPro:IPR001441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein (TAIR:AT5G58780.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23738306..23739430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33712.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSMLWFLLS LLSLLLLPCL RPCFPAKGSL KNKKKIDKGT YVVGEEETPK ELQRELMPRH VAVIMDGNRR WAKQTGLLTS QGYEAGAKRL LEFADLCFKL 101: GINTVSAFAF STENWGRHKI EVKCLMYLFQ RYLKSKIQFF QSKEIRVSVI GNLAKIPESL LRTVHELEEA TKSYKKKHLI LAIDYSGRFD ILGACKNIVK 201: KSEQGLIREE DVDETLFERE LQTRCTEFPS PDLLIRTSGE QRISNFFLWQ LAYTEFFFSP VLWPDFDKQK FIEALVSYQR RDRRFGSRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)