AT4G35920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PLAC8 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an integral plasma membrane protein. Functionally complements the yeast mid1 mutant, a deficiency of Ca2+ influx. Involved in Ca2+ influx and mechanical sensing in roots. An over-expression line showed increased Ca2+ uptake than the wild type plant. The primary root of a knock-out mutant failed to penetrate a harder agar medium from a softer medium. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mid1-complementing activity 1 (MCA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function Cys-rich (InterPro:IPR006461); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PLAC8 family protein (TAIR:AT2G17780.1); Has 655 Blast hits to 652 proteins in 78 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 56; Fungi - 47; Plants - 535; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17012106..17014192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48039.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSHSWDGLGE IASVAQLTGL DAVKLIGLIV KAANTAWMHK KNCRQFAQHL KLIGNLLEQL KISEMKKYPE TREPLEGLED ALRRSYLLVN SCRDRSYLYL 101: LAMGWNIVYQ FRKHQDEIDR FLKIIPLITL VDNARIRERF EYIDRDQREY TLDEEDRHVQ DVILKQESTR EAASVLKKTL SCSYPNLRFC EALKTENEKL 201: QIELQRSQEH YDVAQCEVIQ RLIGVTQAAA AVEPDSEKEL TKKASKKSER SSSMKTEYSY DEDSPKKSST RAASRSTSNV SSGHDLLSRR ASQAQHHEEW 301: HTDLLACCSE PSLCFKTFFF PCGTLAKIAT AASNRHISSA EACNELMAYS LILSCCCYTC CVRRKLRKTL NITGGFIDDF LSHVMCCCCA LVQELREVEI 401: RGAYGTEKTK ISPPSSQFME H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)