AT3G61230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA type zinc finger transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GATA type zinc finger transcription factor family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, LIM-type (InterPro:IPR001781), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA type zinc finger transcription factor family protein (TAIR:AT2G45800.1); Has 5500 Blast hits to 3584 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4540; Fungi - 25; Plants - 547; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 388 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:22664601..22665503 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23765.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 213 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAFTGTTDK CKACDKTVYV MDLMTLEGMP YHKSCFRCSH CNGTLVICNY SSMDGVLYCK THFEQLFKES GNFSKNFQTA GKTEKSNDAT KAPNRLSSFF 101: SGTQDKCAAC KKTVYPLEKM TMEGESYHKT CFRCAHSGCP LTHSSYAALD GVLYCKVHFS QLFLEKGNYN HVLQAAANHR RSTAEEDKTE PKEDEANPTE 201: EETSDAAAEE HES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)