AT3G47440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tonoplast intrinsic protein 5;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes AtTIP5;1, functions as water and urea channels in pollen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tonoplast intrinsic protein 5;1 (TIP5;1); FUNCTIONS IN: water channel activity, urea transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, urea transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: delta tonoplast integral protein (TAIR:AT3G16240.1); Has 9883 Blast hits to 9870 proteins in 2054 species: Archae - 82; Bacteria - 4603; Metazoa - 1430; Fungi - 328; Plants - 2424; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1016 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17482054..17482987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26644.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRMIPTSFS SKFQGVLSMN ALRCYVSEFI STFFFVLAAV GSVMSSRKLM AGDVSGPFGV LIPAIANALA LSSSVYISWN VSGGHVNPAV TFAMAVAGRI 101: SVPTAMFYWT SQMIASVMAC LVLKVTVMEQ HVPIYKIAGE MTGFGASVLE GVLAFVLVYT VFTASDPRRG LPLAVGPIFI GFVAGANVLA AGPFSGGSMN 201: PACAFGSAMV YGSFKNQAVY WVGPLLGGAT AALVYDNVVV PVEDDRGSST GDAIGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)