AT3G21830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 8 (SK8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: E3 ubiquitin ligase, SCF complex, Skp subunit (InterPro:IPR016897), SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 9 (TAIR:AT3G21850.1); Has 904 Blast hits to 850 proteins in 161 species: Archae - 9; Bacteria - 40; Metazoa - 431; Fungi - 54; Plants - 83; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 285 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7693481..7693939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17493.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 152 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTKKIMLKS SEGKTFEIEE ETARQCQTIA HMIEAECTDN VILVLKMTSE ILEMVIEYCN KHHVDAANPC SDDDLEKWDK EFMEKDKSTI FALTNAANFL 101: NNKSLLHLAG QTVADMIKGN TPKQMREFFN IENDLTPEEE AAIRRENKWA FE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)