AT3G17760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamate decarboxylase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
glutamate decarboxylase 5 (GAD5); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; INVOLVED IN: carboxylic acid metabolic process, glutamate metabolic process, glutamate decarboxylation to succinate; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase (InterPro:IPR002129), Glutamate decarboxylase (InterPro:IPR010107), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate decarboxylase 4 (TAIR:AT2G02010.1); Has 2878 Blast hits to 2874 proteins in 881 species: Archae - 194; Bacteria - 1723; Metazoa - 150; Fungi - 353; Plants - 275; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 178 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6078893..6080838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55773.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 494 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLATNSDSD EHLHSTFASR YVRAVVPRFK MPDHCMPKDA AYQVINDELM LDGNPRLNLA SFVTTWMEPE CDKLIMDSVN KNYVDMDEYP VTTELQNRCV 101: NMIANLFHAP VGEDEAAIGC GTVGSSEAIM LAGLAFKRKW QHRRKAQGLP IDKPNIVTGA NVQVCWEKFA RYFEVELKEV KLSEDYYVMD PAKAVEMVDE 201: NTICVAAILG STLTGEFEDV KQLNDLLAEK NAETGWETPI HVDAASGGFI APFLYPDLEW DFRLPWVKSI NVSGHKYGLV YAGVGWVVWR TKDDLPEELV 301: FHINYLGADQ PTFTLNFSKG SSQIIAQYYQ FIRLGFEGYK NIMENCMDNA RRLREGIEMT GKFNIVSKDI GVPLVAFSLK DSSKHTVFEI AESLRKFGWI 401: IPAYTMPADA QHIAVLRVVI REDFSRGLAD RLITHIIQVL KEIEGLPSRI AHLAAAAAVS GDDEEVKVKT AKMSLEDITK YWKRLVEHKR NIVC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)