AT3G06100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.951 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : NOD26-like intrinsic protein 7;1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NOD26-like intrinsic protein 7;1 (NIP7;1); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein, conserved site (InterPro:IPR022357), Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NOD26-like intrinsic protein 4;1 (TAIR:AT5G37810.1); Has 10571 Blast hits to 10316 proteins in 2159 species: Archae - 111; Bacteria - 5379; Metazoa - 1383; Fungi - 439; Plants - 2077; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 1178 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1841388..1842934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28748.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 275 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGEARSRVV DQEAGSTPST LRDEDHPSRQ RLFGCLPYDI DLNPLRIVMA ELVGTFILMF SVCGVISSTQ LSGGHVGLLE YAVTAGLSVV VVVYSIGHIS 101: GAHLNPSITI AFAVFGGFPW SQVPLYITAQ TLGATAATLV GVSVYGVNAD IMATKPALSC VSAFFVELIA TSIVVFLASA LHCGPHQNLG NLTGFVIGTV 201: ISLGVLITGP ISGGSMNPAR SLGPAVVAWD FEDLWIYMTA PVIGAIIGVL TYRSISLKTR PCPSPVSPSV SSLLR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)