AT1G65300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 38 (AGL38); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: endosperm; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MADS-box transcription factor family protein (TAIR:AT1G65330.1); Has 4029 Blast hits to 4021 proteins in 424 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 109; Fungi - 8; Plants - 3898; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24254929..24255765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31659.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 278 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRKMKLSLI ENSVSRKTTF TKRKKGMTKK LTELVTLCGV EACAVVYSPF NSIPEAWPSR EGVEDVVSKF MELSVLDRTK KMVDQETFIS QRIAKEKEQL 101: QKLRDENHNS QIRELMFGCL KGETNVYNLD GRDLQDLSLY IDKYLNGLTR RIEILIENGE SSSSLPLPIV ANAAAPVGFD GPMFQYHNQN QQKPVQFQYQ 201: ALYDFYDQIP KKIHGFNMNM NKDSNQSMVL DLNQNLNDGE DEGIPCMDNN NYHPEIDCLA TVTTAPTDVC APNITNDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)